Sudaki hastalık yapıcı (patojen) organizmaların yok edilmesi veya etkisiz hale getirilmesi için en yaygın kullanılan metotlardan birisi klorlama yöntemidir.Klorlamanın başlıca etkisi, mikroorganizmaların hücre duvarlarının tahribi, hücre zarının geçirgenliğinin bozulması, protoplazmasının yapısının değiştirilmesi ve enzim inhibasyonu şeklinde olmaktadır. Özellikle Atıksu arıtma sistemlerinde, çıkış suyu deşarj edilmeden önce klorla dezenfeksiyonu sağlanır.

Bir diğer yöntem olan Ultraviyole Sistemleri ile dezenfeksiyon, suya herhangi bir kimyasal veya oksidant ilave edilmeksizin mikroorganizmaların etkisiz hale getirilmesi işlemidir. Tüp benzeri cam bir kılıfın içine yerleştirilmiş ultraviyole lambası sayesinde cihaza giren suya dozajı ayarlı UV IŞINI verilir. Bu ultraviyole  ışınları mikroorganizmaların DNA yapısını bozarak etkisiz hale gelmelerini sağlar. Bu şekilde ortalama   % 99.9 oranında dezenfeksiyon verimi elde edilmektedir. Genellikle içme suyu arıtımında dezenfeksiyon amacıyla kullanılır.